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Journal articles
Molecular microbiology methods for environmental diagnosis
Théodore Bouchez
1
A. L. Blieux
2
Samuel Dequiedt
3
Isabelle Domaizon
4
Alexis Dufresne
5
Stephanie Ferreira
6
Jean-Jacques Godon
7
Jennifer Hellal
8
Catherine Joulian
8
Achim Quaiser
5
Fabrice Martin-Laurent
9, 3
A. Mauffret
8
Jean-Michel Monier
10
P. Peyret
11
P. Schmitt-Koplin
12
Olivier Sibourg
13
E. d'Oiron
13
Antonio Bispo
14
I. Deportes
14
C. Grand
14
Philippe Cuny
15
Pierre-Alain Maron
3
Lionel Ranjard
3
10
ENOVEO
Théodore Bouchez 1
Author
A. L. Blieux 2
Author
Samuel S. Dequiedt 3
Author
Isabelle Domaizon 4
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : isabelle-domaizon ORCID : https://orcid.org/0000-0001-9785-3082
Alexis Dufresne 5
Author IdHAL : alexis-dufresne
Stephanie Ferreira 6
Author
Jean-Jacques Godon 7
Author
Jennifer Hellal 8
Author IdHAL : jennifer-hellal ORCID : https://orcid.org/0000-0003-1358-6816
Catherine Joulian 8
Author IdHAL : catherine-joulian ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3834-2551
Achim Quaiser 5
Author
Fabrice Martin-Laurent 9, 3
Author IdHAL : fabrice-martin-laurent
A. Mauffret 8
Author
Jean-Michel Monier 10
Author
P. Peyret 11
Author
P. Schmitt-Koplin 12
Author
Olivier Sibourg 13
Author
E. d'Oiron 13
Author
Antonio Bispo 14
Author IdHAL : antonio-bispo ORCID : https://orcid.org/0000-0002-6985-8385
I. Deportes 14
Author
C. Grand 14
Author
Philippe Cuny 15
Author IdHAL : philippe-cuny ORCID : https://orcid.org/0000-0003-1826-7208
Pierre-Alain Maron 3
Author
Lionel Ranjard 3
Author
1
UR HBAN - Hydrosystèmes et Bioprocédés (1 rue Pierre-Gilles de Gennes 92761 Antony Cedex - France)
2
Welience Agroenvironnement (France)
3
Agroécologie [Dijon] (Université de Bourgogne - 17 rue Sully - BP 86510 - 21000 Dijon - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1347 (France)
- UB - Université de Bourgogne (Maison de l'université - Esplanade Érasme - BP 27877 - 21078 Dijon cedex - France)
- AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement : UMR1347 (26 Boulevard du Dr Petitjean - BP 87999 - 21079 Dijon cedex - France)
4
CARRTEL - Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (Station d'Hydrobiologie Lacustre 75 Av. de Corzent Thonon les Bains F-74203 France - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR0042 (France)
- USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry] - Université Savoie Mont Blanc (27, rue Marcoz - 73000 Chambéry - France)
5
ECOBIO - Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (Bâtiment 14 - Université de Rennes 1 - Campus de Beaulieu - CS 74205 - 35042 Rennes Cedex - France - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- INEE - Institut Ecologie et Environnement (3 rue Michel-Ange, 75794, Paris cedex 16, France - France)
- OSUR - Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (263 avenue du Général Leclerc - 35042 Rennes cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6553 (France)
6
GenoScreen (France)
7
LBE - Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement [Narbonne] (Avenue des Etangs - 11100 Narbonne - France)
- Montpellier SupAgro - Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (2, place Viala 34060 Montpellier Cédex 2 - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR0050 (France)
9
BGS - Biogéosciences [UMR 6282] [Dijon] (Université de Bourgogne - 6 boulevard Gabriel - 21000 Dijon - France)
- UB - Université de Bourgogne (Maison de l'université - Esplanade Érasme - BP 27877 - 21078 Dijon cedex - France)
- AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement : UMR6282 (26 Boulevard du Dr Petitjean - BP 87999 - 21079 Dijon cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6282 (France)
10
ENOVEO (69002 Lyon - France)
11
CIDAM - Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament (Facultés de Médecine et de Pharmacie CBRV / RdC et 5ème étage BP 38 / 28, Place Henri-Dunant 63001 / Clermont-Ferrand - France)
- UdA - Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I : EA4678 (49, Boulevard François-Mitterrand / CS 60032 / 63001 Clermont-Ferrand Cedex 1 - France)
12
HZM - Helmholtz-Zentrum München (Ingolstaedter Landstraße 1, D-85764 Neuherberg - Germany)
13
Observatoire Français des Sols Vivants (Domaine de Danne, 49500 St Martin du Bois - France)
14
ADEME - Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (20 Avenue du Grésillé, 49000 Angers, France - France)
15
LMGEM - Laboratoire de MicrobiologiE de Géochimie et d'Ecologie Marines (Campus deLuminy Faculté des Sciences 163 avenue de Luminy Case 901
13288 MARSEILLE CEDEX 9 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6117 (France)
- Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2 : UMR6117 (58, boulevard Charles Livon - 13284 Marseille cedex 07 - France)
Abstract : To reduce the environmental footprint of human activities, the quality of environmental media such as water, soil and the atmosphere should be first assessed. Microorganisms are well suited for a such assessment because they respond fast to environmental changes, they have a huge taxonomic and genetic diversity, and they are actively involved in biogeochemical cycles. Here, we review microbiological methods that provide sensitive and robust indicators for environmental diagnosis. Methods include genomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics to study the abundance, diversity, activity and functional potentials of indigenous microbial communities in various environmental matrices such as water, soil, air and waste. We describe the advancement, technical limits and sensitivity of each method. Examples of method application to farming, industrial and urban impact are presented. We rank the most advanced indicators according to their level of operability in the different environmental matrices based on a technology readiness level scale.
Document type :
Journal articles
Domain :
Complete list of metadata
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01413017
Contributor : Laurent Jonchère <>
Submitted on : Friday, December 9, 2016 - 11:24:21 AM
Last modification on : Monday, June 21, 2021 - 11:34:02 AM
Contributor : Laurent Jonchère <>
Submitted on : Friday, December 9, 2016 - 11:24:21 AM
Last modification on : Monday, June 21, 2021 - 11:34:02 AM
Identifiers
- HAL Id : hal-01413017, version 1
- DOI : 10.1007/s10311-016-0581-3
- IRSTEA : PUB00052995
- PRODINRA : 382266
- WOS : 000388105000001
Collections
ECOBIO | UNIV-RENNES1 | CNRS | IRSTEA | INRA | CIDAM | ADEME | LMGEM | OSUR | UNIV-BOURGOGNE | UNIV-AMU | PRES_CLERMONT | UR1-UFR-SVE | UNIV-SAVOIE | BRGM | AGROPOLIS | AGROECOLOGIE | MEDIS | UNIV-RENNES | MONTPELLIER-SUPAGRO | INRAE | INRAEOCCITANIEMONTPELLIER | UGA
Citation
Théodore Bouchez, A. L. Blieux, Samuel Dequiedt, Isabelle Domaizon, Alexis Dufresne, et al.. Molecular microbiology methods for environmental diagnosis. Environmental Chemistry Letters, Springer Verlag, 2016, 14 (4), pp.423--441. ⟨10.1007/s10311-016-0581-3⟩. ⟨hal-01413017⟩
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