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Journal articles
The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community
Thomas Darde
1
Estelle Lecluze
1
Aurélie Lardenois
1
Isabelle Stévant
2
Nathan Alary
1
Frank Tüttelmann
3
Olivier Collin
4, 5
Serge Nef
2
Bernard Jégou
1
Antoine Rolland
1
Fréderic Chalmel
1, *
*
Corresponding author
4
Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes]
UR1 - Université de Rennes 1, Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Inria Rennes – Bretagne Atlantique , IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE
Thomas Darde 1
Author
Estelle Lecluze 1
Author
Aurélie Lardenois 1
Mail :
Author
Isabelle Stévant 2
Author
Nathan Alary 1
Author
Frank Tüttelmann 3
Author
Olivier Collin 4, 5
Mail :
Author IdHAL : olivier-collin
Serge Nef 2
Author
Bernard Jégou 1
Mail :
Author IdHAL : bernard-jegou
Antoine D. Rolland 1
Mail :
Author IdHAL : antoine-rolland ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/B-2611-2012 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-9758-4406
Fréderic Chalmel 1
Mail :
Correspondent author IdHAL : fchalmel ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/L-5360-2018 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-0535-3628
1
Irset - Institut de recherche en santé, environnement et travail (263 avenue Général Leclerc 35042 Rennes Cedex - France)
- UA - Université d'Angers (Université d'Angers - 40 Rue de Rennes, BP 73532 - 49035 Angers CEDEX 01 - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- EHESP - École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (15, avenue du Pr. Léon Bernard - 35043 Rennes Cedex - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1085 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes (Université Rennes 1 - Campus Santé Villejean - 2, avenue Professeur Léon Bernard 35043 Rennes cedex - France)
2
UNIGE - Université de Genève (24 rue du Général-Dufour CH - 1211 Genève 4 - Switzerland)
3
University of Münster (Universität Münster Schlossplatz 2 48149 Münster - Germany)
4
Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes] (France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- Plateforme Génomique Santé Biogenouest® (France)
- Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu
35042 Rennes cedex - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
- CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France)
- ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France)
- IMT Atlantique - IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 -
Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES -
Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France)
- IMT - Institut Mines-Télécom [Paris] (37-39 Rue Dareau, 75014 Paris - France)
- UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
5
SED [Rennes] - Service Expérimentation et Développement (Campus de Beaulieu 35042 Rennes cedes - France)
- Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu
35042 Rennes cedex - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
- CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France)
- ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France)
- IMT Atlantique - IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 -
Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES -
Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France)
- IMT - Institut Mines-Télécom [Paris] (37-39 Rue Dareau, 75014 Paris - France)
- UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
Abstract : Motivation: Recent advances in transcriptomics have enabled unprecedented insight into gene expression analysis at a single-cell resolution. While it is anticipated that the number of publications based on such technologies will increase in the next decade, there is currently no public resource to centralize and enable scientists to explore single-cell datasets published in the field of reproductive biology.Results: Here, we present a major update of the ReproGenomics Viewer (RGV), a cross-species and cross-technology web-based resource of manually-curated sequencing datasets related to reproduction. The redesign of RGV's architecture is accompanied by significant growth of the database content including several landmark single-cell RNA sequencing datasets. The implementation of additional tools enables users to visualize and browse the complex, high-dimensional data now being generated in the reproductive field.Availability and implementation: The ReproGenomics Viewer resource is freely accessible at http://rgv.genouest.org. The website is implemented in Python, JavaScript, and MongoDB, and is compatible with all major browsers. Source codes can be downloaded from https://github.com/fchalmel/RGV.
Document type :
Journal articles
Complete list of metadatas
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-02015545
Contributor : Laurent Jonchère <>
Submitted on : Thursday, February 14, 2019 - 10:45:18 AM
Last modification on : Wednesday, June 24, 2020 - 4:19:47 PM
Document(s) archivé(s) le : Wednesday, May 15, 2019 - 7:35:27 PM
Contributor : Laurent Jonchère <>
Submitted on : Thursday, February 14, 2019 - 10:45:18 AM
Last modification on : Wednesday, June 24, 2020 - 4:19:47 PM
Document(s) archivé(s) le : Wednesday, May 15, 2019 - 7:35:27 PM
File
Darde_et_al_2018_The ReproGeno...
Files produced by the author(s)
Identifiers
- HAL Id : hal-02015545, version 1
- PUBMED : 30668675
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btz047
Collections
UNIV-RENNES1 | INSA-GROUPE | BIOSIT | CENTRALESUPELEC | UR1-UFR-SVE | EHESP | USPC | UR1-UFR-ISTIC | IRSET-8 | IRSET-EHESP | IRISA | IRSET | UNIV-ANGERS | INRIA | CNRS | UNIV-RENNES | INSTITUT-TELECOM
Citation
Thomas Darde, Estelle Lecluze, Aurélie Lardenois, Isabelle Stévant, Nathan Alary, et al.. The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 35 (17), pp.3133-3139. ⟨10.1093/bioinformatics/btz047⟩. ⟨hal-02015545⟩
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