Intégrer les échelles moléculaires et cellulaires dans l'inférence de réseaux métaboliques. Application aux xénobiotiques. - Université de Rennes Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2017

Integrate molecular and cellular scales in the inference of metabolic networks. Application to xenobiotics.

Intégrer les échelles moléculaires et cellulaires dans l'inférence de réseaux métaboliques. Application aux xénobiotiques.

Résumé

Predicting, modelling and analysing the metabolism of xenobiotics, foreign substances to an organism, using computer methods, has been a major challenge for the scientific community for many years. This thesis aims to implement multiscale computing methods for predicting and analyzing the metabolism of xenobiotics. A first focus of this study was on the construction and de novo automatic annotation of metabolic graphs combining high sensitivity and precision. These graphs thus provide the prediction of the metabolism of xenobiotics in humans, as well as the genotoxicity of the molecules and atoms that make up xenobiotics. Then, the work focused on the implementation of a dynamic mathematical model modelling enzymatic competition effects through the development of a methodology allowing the exploitation of limited biological data while limiting inherent biases.
Prédire, modéliser et analyser le métabolisme de xénobiotiques, substances étrangères à un organisme, à l’aide de méthodes informatiques est un challenge majeur mobilisant la communauté scientifique depuis de nombreuses années. Cette thèse vise à implémenter des méthodes informatiques multi-échelles pour prédire et analyser le métabolisme des xénobiotiques. Un premier axe de cette étude portait sur la construction et l’annotation automatique de novo de graphes métaboliques combinant fortes sensibilités et précisions. Ces graphes fournissent ainsi la prédiction du métabolisme de xénobiotiques chez l’homme, ainsi que la génotoxicité des molécules et atomes qui le composent. Puis, le travail s’est orienté sur l’implémentation d’un modèle mathématique dynamique modélisant des effets de compétition enzymatique à travers le développement d’une méthodologie permettant l’exploitation de données biologiques restreintes tout en limitant les biais inhérents.
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Dates et versions

tel-01659375 , version 1 (08-12-2017)
tel-01659375 , version 2 (22-01-2018)

Identifiants

  • HAL Id : tel-01659375 , version 1

Citer

Victorien Delannée. Intégrer les échelles moléculaires et cellulaires dans l'inférence de réseaux métaboliques. Application aux xénobiotiques.. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Univ. Rennes 1, 2017. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-01659375v1⟩
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